TİBBİ CİHAZ VE MALZEMELER

DNA sarmalı birbirine komplementer baz dizisine sahip iki DNA dalından oluşur. Genetik bilgi DNA dallarının üzerine yerleşmiş bazların (adenin, timin, guanin, sitozin) dizilimi ile şifrelenmektedir. Buna göre doğru cevap B seçeneğidir.

RNA molekülünde  DNA’dan farklı olarak yapısında şeker olarak riboz molekülü ve Timin yerine de Urasil bazının bulunmasıdır. Doğru cevap D seçeneğidir.

DNA sarmalının açılarak iki atasal zincirin karşısına yeni zincirlerin sentezlenmesi
replikasyon olarak adlandırılır. Replikasyon hücrede bölünmeyi takiben her yavru hücreye özdeş genetik materyal dağılmasını sağlar. DNA molekülü in vitro koşullarda polimeraz zincir reaksiyonu adı verilen bir dizi işlem ile çoğaltılır. Reaksiyondaki her döngü üç evreden oluşmaktadır. Bu evreler; denatürasyon, primer bağlanması (annealing) ve primerlerin uzaması (extension) evreleridir. Buna göre doğru cevap A seçeneğidir.

Higuchi ve arkadaşları tarafından geliştirilen eş zamanlı PCR’ın temel amacı, çok düşük miktarda olsa bile bir örnekteki spesifik nükleik asit dizilerini kesin şekilde ayırmak ve ölçmektir. PCR’ın, modern floresan kimyasallarla birleşmesi ve amplifikasyonun reaksiyon boyunca izlenmesi eş zamanlı PCR’ın temelidir. Dolayısıyla doğru cevap E seçeneğidir.

Eş zamanlı PCR sistemi klasik PCR kullanımına göre pek çok avantaj ve dezavantaja sahiptir. Bunlar:
Avantajları:
• Yöntemin en önemli avantajları arasında hassas, verimli, hızlı ve kontaminasyon riskinin düşük olması sayılabilir.
• Klasik PCR belirli sayıda çevrimden sonra ölçüme izin verirken eş zamanlı PCR
veriyi eksponansiyel büyüme fazında elde eder.
• Raportör floresan sinyalindeki artış doğrudan üretilen PCR ürün miktarıyla
orantılıdır.
• Hedef sekansı tespit eden dinamik aralık oldukça geniştir.
• PCR sonrası ek işlemlere ihtiyaç duymaz.
• Duyarlılık başlangıç materyalindeki sadece 2 katlık bir değişime kadar düşürülebilmektedir.

Dezavantajları:
• Amplikon boyutu sistem açılmaksızın takip edilememektedir.
• Mevcut sistemler multipleks yetkinliğini sınırlandırmaktadır.

• Bazı sistemler florejenik kimyasallarla uyumsuzluk göstermektedir.
• Kullanılan teknoloji, kalite yetkinlik ve kontrol düzenlemeleriyle denetlenirse güvenlisonuçlar vermektedir.
 • Standardize edilmiş analiz sistemleri ise her yeni uygulamada optimizasyona ve validasyona ihtiyaç duyar. Aksi hâlde eş zamanlı PCR sistemi oldukça fazla miktarda ancak doğru olmayan veri sunacaktır.

Buna göre doğru cevap D seçeneğidir.

Hibridizasyon probları: Fluorescence Resonance Energy Transfer “FRET” prensibi
ile çalışırlar. FRET, 3’ ucu floresan işaretli bir verici probdan yakındaki 5’ ucu floresan işaretli alıcı proba enerji transfer etme işlemidir. Buna göre doğru cevap B seçeneğidir.

DNA dizi analizleri ilk kez 1977 yılında geliştirilen iki teknik sayesinde yapılmaya başlanmıştır. Bunlar, Sanger dideoksi yöntemi ve Maxam-Gillbert kimyasal degredasyon yöntemidir.

Pirodizileme yöntemi esasında bir eş zamanlı dizi analizi yöntemidir, zincir terminasyonu yöntemini baz alır. Bu yöntemde, dizi analizi primerinin uzaması süresince DNA polimeraz enzimi bir dNTP’nin birleşmesini sağlar. Klasik dizi analizinden farklı olarak herhangi bir elektroforez aşamasına, dNTP’lere, floresan işaretli nükleotidlere gerek yoktur. Bir adet dNTP birleştiği zaman, pirofosfat oluşumu, ışık emisyonu ile sonuçlanan lusiferazın katalizlediği bir reaksiyonla birleştirilir. Bu yöntem klasik dizi analizlerindeki gibi bir sekans dizisi oluşturmaz. Buna göre doğru cevap E seçeneğidir.

Pirodizileme sisteminin diğer dizi analizi yöntemlerine göre avantaj ve dezavantajları şöyle özetlenebilir:

Avantajları:
• Metod çok örnekli işlemler için kolaylıkla adapte edilebilir.
• Geleneksel metodlarla kıyaslandığında maliyet daha efektiftir.
• Sekanslama reaksiyonları oda sıcaklığında ve fizyolojik pH’ta gerçekleşir.
• Sinyal yakalanması yaklaşık 2 dakikalık çevrimlerledir.
• Etiketlenmiş primerlere, nükleotidlere ve jel elektroforezine olan ihtiyacı kaldırır.
• Kısa zincirler oldukça verimli sekanslanabilir: Sinyal-gürültü oranı 40 çevrimden
sonra bile oldukça yüksek kalabilmektedir.
• Düşük frekanslarda bulunsa bile allel kantifikasyonu yapılabilir.
• Bilinmeyen sekans varyantlarını tespit edebilir.

Dezavantajları:

Sıvı faz uygulamasındaki apirazın etkinliği ilerleyen döngülerde ara maddelerin
birikmesi sebebiyle azalır. ........

Buna göre doğru cevap A seçeneğidir.

Populasyonda %1 veya daha fazla sıklıkta görülen DNA dizi değişiklikleri polimorfizm olarak %1’den daha az görülenler ise mutasyon olarak tanımlanır. Buna göre doğru cevap C seçeneğidir.

Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR) yöntemi, bir organizma veya mutant gene ilişkin normal ya da parçalanmış DNA veya RNA’nın in vitro çoğaltılmasına imkân veren bir yöntemdir.

Primerlerin Uzatılması (Extension) Evresi: Bağlanma tamamlandıktan sonra primer hibritleştiği tek dalın karşılığını sentezler. Bu sentez için termostabil özelliği olan ve Thermus aquaticus adlı bakteriden elde edilen Taq polimeraz enzimi kullanılır. Bu enzim PCR’la DNA sentezi için gerekli olan yüksek optimum ısıya (Topt) sahiptir. Taq polimeraz 72 C sıcaklıkta daha iyi çalıştığı için genel olarak tüm çoğaltma işlemleri bu sıcaklıkta yapılmaktadır. Doğru cevap D seçeneğidir.

Ters (Reverse) Transkripsiyon PCR (RT-PCR): Rekombinant DNA teknolojisinde bazı mutasyonların analizi DNA üzerinden değil RNA üzerinden yapılmaktadır. Doğru cevap C seçeneğidir.

Dezavantajları:
• Amplikon boyutu sistem açılmaksızın takip edilememektedir.
• Mevcut sistemler multipleks yetkinliğini sınırlandırmaktadır.
• Bazı sistemler florejenik kimyasallarla uyumsuzluk göstermektedir.
• Kullanılan teknoloji, kalite yetkinlik ve kontrol düzenlemeleriyle denetlenirse güvenli sonuçlar vermektedir.
• Standardize edilmiş analiz sistemleri ise her yeni uygulamada optimizasyona ve validasyona ihtiyaç duyar. Aksi hâlde eş zamanlı PCR sistemi oldukça fazla miktarda ancak doğru olmayan veri sunacaktır.

Doğru cevap E seçeneğidir.

Elektroforetik analizin temeli, moleküllerin elektriksel bir alanda jel üzerindeki göçüne dayanır. Bu göç hızı molekülün büyüklüğüne, yapısına, jelde kullanılan maddenin
konsantrasyonuna, iyonik kuvvete ve uygulanan akıma bağlı olarak değişmektedir. Doğru cevap D seçeneğidir.

Dideoksi yöntemi ilk çıkan yöntemdendir. Doğru cevap E seçeneğidir.

Avantajları:
• Metod çok örnekli işlemler için kolaylıkla adapte edilebilir.
• Geleneksel metodlarla kıyaslandığında maliyet daha efektiftir.
• Sekanslama reaksiyonları oda sıcaklığında ve fizyolojik pH’ta gerçekleşir.
• Sinyal yakalanması yaklaşık 2 dakikalık çevrimlerledir.
• Etiketlenmiş primerlere, nükleotidlere ve jel elektroforezine olan ihtiyacı kaldırır.
• Kısa zincirler oldukça verimli sekanslanabilir: Sinyal-gürültü oranı 40 çevrimden sonra bile oldukça yüksek kalabilmektedir.
• Düşük frekanslarda bulunsa bile allel kantifikasyonu yapılabilir.
• Bilinmeyen sekans varyantlarını tespit edebilir.

İç İçe (Nested) PCR: İç içe (Nested) PCR özgün olmayan ürünlerin oluşumunu engellemek ve PCR tekniğinin spesifikliğini arttırmak için kullanılan bir PCR yöntemidir. Doğru cevap A seçeneğidir.

Biyoinformatik ve moleküler genetik alanındaki ilerlemelere paralel olarak geliştirilen mikroarray teknolojisi tek bir çip üzerinde tüm genomun (DNA) ve ekspresyon ürünlerinin (RNA ve protein) incelenmesi yöntemidir. Doğru cevap E seçeneğidir.

DNA dizi analizleri ilk kez 1977 yılında geliştirilen iki teknik sayesinde yapılmaya başlanmıştır. Bunlar, Sanger dideoksi yöntemi ve Maxam-Gillbert kimyasal degredasyon yöntemidir. Her iki teknik de üç temel basamaktan oluşmaktadır. Doğru cevap C seçeneğidir.