TEMEL VETERİNER MİKROBİYOLOJİ VE İMMÜNOLOJİ - Deneme Sınavı - 7

Etkili bir dezenfeksiyon için kullanılacak dezenfektanın seçimi oldukça önem taşımaktadır. Bu nedenle seçilen dezenfektanın bazı temel özelliklerinin bilinmesi ve kullanım amacına uygun olması gerekir. Bu amaç için seçilen dezenfektanlarda, dezenfekte edilecek yüzeyin tipi, ortamın organik madde içeriği, ortam sıcaklığı, dezenfektan sulandırmada kullanılacak suyun kalitesi, dezenfektanın temas zamanı ve dezenfektanın aktivite spektrumu bilinmelidir. Ayrıca dezenfektanın etkinliği, güvenliği ve maliyeti öncelikli olarak değerlendirilmelidir. Dezenfektanların etkinliğini sınırlayıcı faktörler arasında, dezenfekte edilecek yüzeyin özellikliği dikkate alınmalıdır. Dezenfeksiyon işleminin başarıya ulaşması için yüzeyin düzgün olması ve dezenfektan ile mikroorganizmanın direkt temasını önleyecek bir engelin olmaması gereklidir. Örneğin kümes dezenfeksiyonunda zemininin toprak veya kumlu olması, dezenfektanın etkinliğinin azalması muhtemeldir. Dezenfekte edilecek yüzeylerde organik kalıntıların olması ve kümes ortamındaki sıcaklık dezenfektanın etkilerini sınırtlayıcı faktörlerdir. Özellikle kümes zemini ve yan duvarların alt kısımlarında birikmiş olan dışkının giderilmesi, seçilen dezenfektanın etkinliğini artıracaktır. Birçok dezenfektanın mikroorganizmalar üzerinde etkinliği belirlli sıcaklık derecelerinde belirlenmişitr. Bu derecelerin dışındaki durumlarda özellikle de soğuk bir ortamda dezenfektanın etkinliği azalır. Bu nedenle soğukta da etkinliği belirlenmiş dezenfektanların seçilmesi ve/veya dezenfektanın temas zamanını uzatılmasında yarar vardır. Dezenfektan sulandırmasında kullanılacak suyun kalitesi de bazı dezenfektanların etkinliğini sınırlar. Sert sularda iodoforlar ve kuarterner amonyum bileşikleri daha fazla etkilenirler. Dezenfektanların aktivite spektrumunun geniş olması ortamda bulunan bakteri, virus, mantar, protozoa gibi mikroorganizmaların giderilmesinde avantaj sağlayacaktır. Ayrıca ortamda inaktive edilecek patojen miktarının çok değişken olması, dezenfektanların farklı konsantrasyonlardaki sulandırmalarının çeşitli sıcaklıklarda, organik bileşiklerin varlığında ve temas zamanı gibi değişkenlerin dikkate alınması yararlı olacaktır. Bazı dezenfektanların mikroorganizmalar üzerine etkinlikleri bakterilerin üreme veya spor formalarına göre değişkenlik gösterir. Bakteri sporları, vegetatif formlarına göre oldukça dirençlidir ve sadece belirli dezenfektanlar etkili çalışır. Bu dezenfektanlar arasında, halojenler, civa klorid, formalin, etilen oksit bulunmaktadır. Mikobakteriler de diğer bakterilere göre daha dirençlidir ve bu etkenlerin giderilmesi için fenolik ve alkol türevleri kullanılır. Virusların öldürülmesi de bakterilerin vegatatif formlarına göre daha zordur ve bu nedenle halojenler, oksidanlar ve formalin kullanılmaktadır.

Kresoller, katranın ektraksiyonundan elde edilen ve fenollerle yakın ilişkili bir dezenfektandır. Bisfenol bileşikleri olarak oldukça etkin bir dezenfektan olup genellikle mazot ve su ile karıştırılarak kümes dezenfeksiyonunda kullanılırlar. Ayrıca bu karışım kırmızı kenelere de etki eder.

Hücre duvarı sentezine mani olan antibiyotikler, bakterilerin pepdidoglikan sentezinin polisakkarit zincirleri arasındaki bağlantının oluşmasını engelleyerek hücre duvarı sentezini engellerler. Bu ilaçlar, daha önceden hücre duvarı oluşmuş bakteriler üzerine etki etmezler. Bu grup antibiyotikler arasında penisilinler, yarı sentetik penisilinler, basitrasin, sikloserin, ampisilin, karbesilin, metislin, sefalosporin ve vankomisin gibi ilaçlar sayılabilir. Sitoplazmik membrana etkileyenler, bakterilerin hücre membranının fonksiyonunu bozarlar ve bakterinin ölüne neden olur. Polimiksin ve kolistin, özellikle Gram negatif bakteriler üzerine etki gösterirler ve ozmozisi bozarak bakterilerin ölümüne neden olurlar. Bu antibiyotikler arasında polimiksin, kolistin, nistatin ve amfoterisin B sayılabilir. Son iki etken maddenin antifungal etkileri vardır. Protein sentezine mani olan antibiyotikler, bakterilerde protein sentezinin farklı aşamalarını olumsuz etkileyerek etki gösterirler. Protein sentezi bir bakteride oldukça önemlidir ve bu sentezin durması bakterilerin ölmesi ile sonuçlanır. Genel olarak antibiyotikler, bakterilerde transkripsiyonu engelleyerek ve translasyon aşamasında etki ederek etkilerini gösterirler. Transkripsiyonu engelleyerek etki eden antibiyotijler arasında aktinomisin, mitomisin, rifampisin sayılabilir. Translasyon aşamasında etki eden antibiyotikler ise ribosimal alt ünitelerden 30S ve 50S ribozomal alt ünitelere etki edererek protein sentezine engel olurlar. 30S ribozomal alt üniteyi etkileyen antibiyotikler arasında tetrasiklinler, streptomisin, kanamisin, neomisin, gentamisin ve spektinomisin sayılabilir. 50S’lik alt üniteye etkili olanlar arasında, kloramfenikol ve makrolidler (eritromisin, linkomisin, puromisin) sayılabilir. Nükleik asit üzerine etkili olan antibiyotikler, bakterilerdeki nükleik asitlerin çift sarmal yapısını bozarak, DNA ve RNA polimeraz enzimlerine etki ederek, nükleik asit sentezine engel olarak ve DNA yapısında ve fonksiyonlarında bozukluklara neden olarak etki ederler. Bu grupta bulunan antibiyotiklere örnek olarak, mitomisin, nalidiksik asit, novobiyosin, griseofulvin, rifampin ve kinolonlar verilebilir.

Diğer ifadeler doğru olup C seçeneği yanlıştır. Etil alkol derşimi % 70’lik olmalıdır. Lezyonlu bölgelerden hazırlanan boyalı preparatların mikroskobik incelenmesiyle önemli bilgilere basit, hızlı ve ekonomik olarak ulaşılabilir. Mikroskobik inceleme yapılmadan önce mikroskop lamları temiz ve yumuşak bir bez ile silinmeli ve bek alevinden geçirilerek üzerindeki olası yağ tabakası uzaklaştırılmalıdır. Bunun dışında, lamlar sıvı temizleyici ile yıkanıp, durulanıp, kuru temiz bir bez ile kurulanarak da incelemeye hazır hale getirilebilir. Muayenede preparat hazırlanmasında kullanılacak olan küt uçlu bistüri ve pens %70’lik etil alkol içeren bir kap (çoğunlukla rahat çalışmaya imkan verdiği için cam beherler tercih edilmektedir) içerisinde bekletilir. Bistüri ve pens bek alevinde yakılır ve kullanım öncesi soğutulur. Kullanıldıktan sonra ise dezenfektan içeren başka bir kaba alınır. Bir doku lezyonundan preparat hazırlanırken materyal pens ile sıkıca tutulurken bistüri ile materyalin lezyonlu bölgesinin derin katmanlarından kazıntı örneği alınır. Bu doku kazıntıları temiz bir lam üzerine alınıp, başka bir lam bunları ezmek için kullanılarak ince bir preparat hazırlanır. Sıvı ya da visköz örneklerde steril bir svap kullanılarak örnekleme yapılır ve lam üzerine bu materyal ince bir tabaka oluşturacak şekilde yayılarak preparat hazırlanır. Preparatlar hazırlandıktan sonra daha sonraki işlemler öncesinde kurumaya bırakılır. Preparat fiksasyonunun amacı vejetatif bakterilerin öldürülmesi, onların boyaya geçirgen hale getirilmesi ve materyalim lama sıkıca sabitlenmesini sağlamaktır. Fikse edilmiş ve boyalı preparatlar bazı bakteriler özellikle de endosporlar inaktive edilmemiş olabileceğinden dikkatle incelenmelidir. İncelendikten sonra boyalı preparatlar otoklavlanmalı veya uzaklaştırılmadan önce güvenilir bir dezenfektan içerisinde 24-48 saat bekletilmelidir. Boyama öncesinde lam preparat hazırlanmış kısmı üstte kalacak şekilde bek alevinden (alevin mavi renkli kısmı üzerinden) 2-3 kez hızlı bir şekilde geçirilerek fikse edilir. Bu aşamada preparatın aşırı ısıtılıp yakılmamasına (lam elin tersini yakmayacak sıcaklıkta olmalıdır) dikkat edilmelidir. Giemsa boyama yönteminde kurutulmuş preparatlar öncelikle absolut metil alkol içerisinde 3 dakika boyunca fikse edilir (kimyasal fiksasyon) daha sonra kurutularak boyama işlemine geçilir.

Karbol fuksin ile boyama: Bu boyama yöntemi Campylobacter türleri, Serpulina hyodysenteriae ve Fusobacterium necrophorum gibi bakterilerin görüntülenmesinde kullanılır. Kurutulmuş ve fikse edilmiş preparatlar üzerine, karbol fuksin solüsyonu konur ve 5-10 saniye lam üzerinde bırakıldıktan sonra boya dökülür ve hafif akan su ile yıkanır. Kurutma kağıdı ile veya havada kurutulduktan sonra üzerine sedir yağı konarak immersiyon objektifi ile bakılır. Mikroorganizmalar kırmızı renkte görülürler.

Negatif boyama: Bu boyama yönteminde mikroorganizmalar yerine saha boyanır. Karanlık olan sahada mikroplar renksiz veya parlak olarak görülürler. Boya olarak nigrosin veya çin mürekkebi kullanılır. Lam üzerine bir damla boya ve sonra bir damla kültür koyarak yayılır ve ince bir froti hazırlanır. Kuruduktan sonra muayene edilir. Bu boyama yöntemi kapsül ve spiroketleri incelemek için kullanılır.

Bu yöntemle mavi renkli ya da mor görülen mikroorganizmalar Gram pozitif ve kırmızı veya pembe renkli mikroorganizmalar ise Gram negatif olarak değerlendirilirler. Bakterilerin Gram pozitif ya da Gram negatif boyanmaları Gram boyanma prensipleri ile açıklanabilir. Buna göre, Gram pozitif mikroorganizmalar, negatiflerden daha düşük pH limitlerine sahiptirler. Bu nedenle de bazik boyalara karşı affiniteleri fazladır. Gram pozitiflerden elde edilen lipoidal maddelerin özelliği Gram negatiflerinkinden farklıdır. İlkinde doymamış yağ asitleri daha fazladır ve aynı zamanda oksidan maddelere olan ilgileri de yüksektir. Kullanılan mordanların oksidan olması bazik boyalara karşı affiniteyi artırır. Gram pozitif bakterilerin hücre duvarı peptidoglikan yapısında olup miktarca çok fazladır. Bu yapısal özellik Gram negatiflerde ise çok azdır. Bu tabakanın giderilmesi, Gram pozitif mikropları Gram negatif hale sokar. Gram pozitiflerde aynı zamanda magnezyum ribonukleat da fazla miktarda bulunur. Bu madde negatiflerde yoktur. Alkolle dekolorasyonun gereğinden uzun süre yapılması Gram negatifliğe eğilimi artırır. Gram pozitiflerde hücre duvarında teikoik asit vardır.

Nazlı üreme özelliğinde olanlar da dahil birçok bakterinin üretilmesi Kanlı agar ile, Salmonella izolasyonunda kullanılan zenginleştirme brothu olarak Selenit buyyon, Salmonella ve bazı bakterilerin izolasyonu için XLD agar ve Brilliant green agar kullanılmaktadır.

MacConkey agar Enterobakteriler ve diğer bazı Gram negatif bakterilerin üretilmesinde, Salmonella identifikasyonunda TSI agar, Escherichia coli identifikasyonunda EMB agar, Hemofilus türleri için zenginleştirilmiş besiyeri için Çikolata agar ve Streptokoklar için selektif besiyeri Eskülin hidrolizi ve hemolizi ortaya koyan besiyeri ise Edwards besiyeridir.

Nazlı üreme özelliğinde olanlar da dahil birçok bakterinin üretilmesinde kanlı agar kullanılır. Nutrient agar temel besiyeri. Nazlı üreme özelliğinde olmayan bakterilerin üretilmesinde kullanılır. Enterobakteriler ve diğer bazı Gram negatif bakterilerin üretilmesinde MacConkey agar kullanılır. Escherichia coli identifikasyonunda EMB agar kullanılır. Hemofilus türleri için zenginleştirilmiş besiyeri için Çikolata agar kullanılır.

Serum: Sıvı veya katı ortamlara %5-10 oranında ilave edilir. Bileşiminde organik ve inorganik maddelerle üretme faktörleri de vardır. Güç üreyen mikroorganizmaların gelişimini kolaylaştırır. Sodyum klorür: Çoğu besiyerinin bileşimine izotonik bir ortam oluşturmak için katılır. Tuza dayanıklı (halotolerant) ve tuz seven (halofil) bakterilerin selektif izolasyonu için yüksek konsantrasyonlarda özel besiyerlerinin bileşimine katılır. Su: Su besiyerlerinin esasını teşkil eder. Besiyeri hazırlamada kullanılan suyun damıtma veya deiyonizasyon ile taze hazırlanmış olması, başta bakır olmak üzere toksik metalleri içermemesi gerekir. Damıtık (distile) su için en ideali, cam sistemlerden elde edilen suyun kullanılmasıdır. Taze hazırlanmış saf suyun pH’sı 6,5-7,5 arasında olmalıdır.

Metil Red (MR) Testi Metil kırmızısı reaksiyonu besiyerindeki glukozun bakteriler tarafından fermentatif metabolizasyonu sonucu oluşan organik asitlerin ortamın pH’sını düşürdüğünü ortaya koyar. Metil red solüsyonu pH 6.0’da sarı, pH 4.4’ün altında ise kırmızı renk verir. Besiyerine bakteri ekildikten sonra kültürler 37°C’de 1-7 gün inkube edilir. Bu sürenin sonunda tüp içerisine 4 damla metil red solüsyonu damlatılır ve tüp iyice karıştırılır. Kırmızı renk oluşumu pozitif, sarı renk oluşumu negatif reaksiyonu gösterir. Testte kullanılan besiyeri için 5g pepton, 5g K2HPO4, 5g D-glukoz tartılarak distile suyla 1000ml’ye tamamlanır. Bu bileşenler sıcak distile su içerisinde eritildikten sonra pH 7.2’ye ayarlanır test tüplerine 5 ml hacminde paylaştırılır. Besiyerleri otoklavda 121°C’de 15-20 dakika sterilize edilir. Bu şekilde hazırlanan tüpler buzdolabına uygun kaplar içerisinde kaldırılır. Kullanılmadan önce içerisine test edilecek steril karbonhidrat (0.5 ml) katılır.

Koagulaz Testi Test patojenik stafilokokların belirlenmesinde kullanılan enzimatik bir testtir. Testte reaktif olarak taze hazırlanmış ya da ticari olarak dondurularak kurutulmuş tavşan plazması kullanılır. Tavşan plazması bazı türler (patojenik) tarafından sentezlenen stafilokokal koagulaz enzimi tarafından fibrine dönüştürülen fibrinojeni içerir. Koagulaz stafilokoklarda iki farklı halde bulunur: Bağlı koagulaz ve serbest koagulaz. Bağlı koagulazın varlığı lam koagulaz testi ile, serbest koagulazın varlığı ise tüp koagulaz testi ile gerçekleştirilir. Lam koagulaz testinde bir öze dolusu stafilokok kültürü bir mikroskop lamı üzerien konan distile suda emülsifiye edilir.

Bakterilerde genetik materyal DNA’dır. Yani genetik veya kalıtsal özellikler DNA molekülü tarafından belirlenir. DNA Adenin ve Timin ile Guanin ve Sitozin purin ve pirimidin bazlarının özgün bir biçimde karşı karşıya gelerek hidrojen bağlarıyla birbirine
bağlanmasıyla oluşur. Tüm bazlar bir deoksiriboz şeker molekülü ile bağlanmış durumdadır ve bu şeker moleküllerinde fosfat bağları vardır. Bu fosfat bağları birbirine
alt alta gelen purin ve pirimidin çiftlerini birbirine bağlayarak çoğalmasını sağlar. Bu durum polimerizasyon diye adlandırılır. Bir DNA molekülündeki purin ve pirimidin bazlarının çift oluşturma durumu ve bu çiftlerin ardı ardına birbirine fosfat bağlarıyla nasıl bağlandığı şematize edilmektedir. Adenin, timin, gunanin ve sitozin adlı bu dört
nükleotid bazının dizileri genetik bilgiyi içerir. Diğer bir deyişle tüm canlılarda olduğu gibi bakterilerde de kalıtsal tüm özellikleri belirler.
DNA molekülü çift sarmal şeklinde bulunur. Her sarmal bir diğerine kıvrılarak sarılmış durumdadır. Bu her sarmalda normal olarak adeninin karşısında timin, guanin karşısında sitozin molekülü bulunmaktadır. Her sarmal diğerinin tamamlayıcısı, yani
komplementeri durumundadır. Doğru cevap D' dir.

RNA yapısı DNA’nınkinden daha farklıdır. Yapısında bulundurduğu şeker deoksiriboz yerine riboz’dur. RNA molekülünde DNA’daki timin yerine urasil yer alır. DNA’daki gibi RNA molekülünün komplementeri yani tamamlayıcısı bir karşı sarmal olmadığından normal olarak tek zincirlidir. Doğru cevap E' dir.

Kendi eşini sentezlenmesini sağlayan birbirinden ayrılmış her bir ana DNA molekülüne (zincirine) templeyt adı verilir. Yeni bir DNA molekülünün üretimi için yapılan kopyalama işine replikasyon denir. Doğru cevap B' dir.

Yeni bir DNA molekülünün üretimi için yapılan kopyalama işine replikasyon denir. Ve her bakteri bölünmesinde bakteri DNA’sı bu işlemi gerçekleştirir. DNA kullanımıyla RNA
sentezlenmesi işlemine ise transkripsiyon adı verilir. Doğru cevap C' dir.

Replikasyon süreci içinde aynı zamanda DNA molekülünden trankripsiyon denen bir işlemle bir master RNA molekülü sentez edilir. Transkripsiyon işlemi RNA polimeraz enzimi tarafından gerçekleştirilir. RNA polimerizasyonu da denen transkripsiyon işlemi için DNA replikasyonundaki gibi bir başlatıcı nukleotid dizisine gereksinim yoktur. Bu nedenle transkripsiyondan çok daha basit bir süreçtir. Transkripsiyon sonu oluşan bir ulak RNA (mesenger RNA; mRNA) molekülüdür. Doğru cevap A' dır.

Nokta mutasyon tipi de tek bir dizi pozisyonundan bir nukleotidin yok olması veya girmesidir. Bu mutasyon tipine DNA dizisinin okunan bölgesinde (anlamlı bölgesi) olduğu için “anlamlı bölge mutasyonu” (frame shift mutasyon) adı verilir. Bu mutasyon durumunda da bakterinin fonksiyonlarında önemli değişimler gözlenir. Doğru cevap D' dir.

Tüm mutasyonlar aslında bir bakıma nokta mutasyonu niteliğinde olmasına karşın, bakterilerde ve diğer organizmalarda oluşan varyasyonların birçoğu DNA yapısında daha önemli değişimlere yol açar. Bu varyasyonların en basiti olarak değerlendirebileceğimiz türü “delesyon”lardır. Delesyonlarda bir gen veya birden fazla gen parçası tümüyle yok olmuş durumdadır. Doğru cevap E' dir.