Arkeolojik alanlardaki kültür varlıklarının sahip oldukları fiziksel ve kültürel özellikler nedeniyle bu kültür varlıklarının koruma süreci ise diğer kültür varlıklarının
koruma sürecinden farklılaşır. Bu sürecin değişkenleri şu şekilde ifade edilebilir:
• Ölçek değişmektedir. Arkeolojik alanlardaki yapılar, anıtsal nitelik taşırlar ve ölçekleri oldukça büyüktür.
• Yığma yapım sistemi ile inşa edilmiş olan yapıların, mimari elemanları da günümüz yapılarının mimari elemanlardan çok daha büyüktür. Örneğin, kapı ve pencereler, duvarları oluşturan kesme taş bloklar, çatı elemanları, sütunlar çok daha büyüktür. Ölçeği büyük alanlar ya da yapıları çalışarak, onları çözümlemek, bu bağlamda zorlaşabilir.
• Doğal malzeme kullanılarak inşa edilmişlerdir. Ağırlıklı olarak taş malzeme, yanı sıra ahşap malzeme ve pişmiş toprak malzeme kullanılmıştır. Yapıların mimari biçimleri ve inşaat tekniklerini doğal malzeme boyutları belirlemiştir. Ayakta kalabilmiş örneklere bakıldığında, tüm doğal malzemenin olanaklarının çok iyi bir biçimde kullanıldığı ve malzemelerin çok iyi işlenerek yapıların süslemelerinin gerçekleştirildiği anlaşılmaktadır.
• İşlevsizdirler. Arkeolojik alanlardaki yapılar, günümüz kent dokularından ve yapılarından farklı olarak bir işlev taşımamaktadır.
• Yapıların mimari çözümlemelerinde belirsiz kısımlar bulunur. Bu belirsizlik, yapıların morfolojilerine (mimari biçimlenme) ve tipolojilerine (mimari plan şemaları) ilişkindir. Bu tür yapıların bazı durumlarda bir kısmı, çoğu zaman büyük çoğunluğu yıkılmış ya da toprak altında kalmıştır. Yapının bütününü ayakta görebilmek çok nadir örneklerde mümkün olmuştur. Çok büyük bir oranda yapıların çatıları günümüze ulaşamamıştır. Duvarların bir kısmı dağılmıştır. Bazı durumlarda bu tür yapıların temel kotuna kadar yıkılmış oldukları görülmektedir. Bu yıkımların gerekçesi, yapıların terkedilmiş olabileceği gibi deprem sel yangın gibi doğal afetler nedeniyle
de olabilir. Ayrıca bir üst bölümde, kentlerin Antik Dönemlerden günümüze kadar sürekliliğinin olabileceğine değinilmişti. Antik Döneme ait bir mimari yapının parçaları bir sonraki dönemde hakim olan toplum tarafından kendi yapılarında yeniden tekrar tekrar kullanılmıştır. Örneğin, Yunan ya da Roma Dönemi yapılarına ait mimari parçaların, Bizans yapılarında ya da sonrasında Osmanlı yapılarında kullanılmış olması gibi.
• Genellikle, bu tür yapıların büyük bir kısmı yıkılmış durumdadır. Bu yapılar içinde, çok az bir kısmı ayakta kalabilmiştir. Ayakta kalabilen kısımları genelde ana beden duvarlarıdır. Deprem, sel ya da yangın gibi doğal afetler nedeniyle yıkılmış olan mimari parçaların bir kısmı arkeolojik kazılar sırasında ele geçerler. Yapının mimari biçimine ve detaylarına ilişkin bilgi üretebilmek için bu parçaların, ana yapının neresinden düştüğünü ve özgün
yerlerinin neresi olduğunun araştırılması gerekir. Bu kapsamda, restitüsyon çalışmaları özel bir önem taşımaktadır.
• Antik Dönem yapılarının yerleşim alanı dışında bulunan arkeolojik sit alanlarının bulundukları coğrafya, topografik özellikler, koruma kararlarını doğrudan etkilemektedir. Dış etkenlerin zorluğu, ulaşılabilirlik problemi nedeniyle sürekli bakım zorluğu, yine ulaşılabilirlik zorluğu nedeniyle ziyaret zorluğuna neden olmaktadır.
• Eğer Antik Dönem yapısı kent içindeyse kullanım dönemini tamamlamış olan yapılardır. Bugün yaşayan kent planlarını doğrudan etkiler, bu kültürel mirasın korunması ve gelecek kuşaklara aktarılması amacıyla, güncel kent planlarının değiştirilmesine neden olabilir. Örnek: Marmaray kazıları, İzmir metrosu.
• Arkeolojik alanlardaki koruma projesi hazırlama süreçleri ile koruma uygulama aşamaları diğer kültür varlıklarının koruma sürecinden farklılaşmaktadır.
